Не вижу смысла перекидывать своп с системного раздела.
Смысл прост: если два винта, один системный и своп кидаешь на второй - это увеличивает производительность. Винда грузит библиотеки и проги с системного раздела, в это же время дёргая своп на другом устройстве. А так будет дёргать один несчастный винт.
Да, кстати, винда будет ругаться, если попытаться с системного раздела своп убрать совсем. Придётся поставить по-минимуму (в ХР - 2Мб), ну а на другой винт - нормальный размер, сколько винда рекомендует (я обычно запас оставляю с округлением до гигабайт). При этом, на системном разделе винда свопить вообще не будет, хотя настройка 2Мб всё равно будет стоять. Неисповедимы пути.